De eerste schriftelijke bewijzen van het bestaan van een parochie in Waalwijk dateren uit de 13e eeuw. Hertog Hendrik I van Brabant schonk in 1233 het patronaatsrecht, dit is het recht om pastoors aan te stellen, aan de abdij van Tongerlo *  . Het oudste stuk hieromtrent in het archief dateert van 1648. Het is een brief van de burgemeester en schepenen van Waalwijk aan de Staten-Generaal waarin zij zeggen dat de abt van Tongerlo Wouter Gorissen als pastoor van Waalwijk en een pater voor het nonnenklooster gestuurd heeft *  . Tot 1826 waren de pastoors en tot 1813 de kapelaans allen abdijheren van Tongerlo. Daarna traden seculiere geestelijken aan.

Johannes de Doper is de patroonheilige van deze eerste Waalwijkse parochie. Op 24 juni herdenkt men zijn geboorte. Hij is de patroon van meerdere parochies in de omgeving, zoals Loon op Zand, Vlijmen en Capelle *  .

Waalwijk viel onder het bisdom Luik en het dekenaat Hilvarenbeek totdat in 1559 het bisdom 's-Hertogenbosch opgericht werd. Aan de parochiegrenzen werd in de loop der jaren heel wat gewijzigd en vooral dan in de laatste 150 jaar. In die periode ontstonden enkele nieuwe parochies. Tot dan deed de St.-Jansparochie de zielzorg over een ruim gebied: Waalwijk, Besoijen, Zuidewijn-Capelle, Drongelen, Gansoyen en Haghoort. Besoijen zou reeds vóór de oprichting van het bisdom 's-Hertogenbosch bij de Waalwijkse parochie gehoord hebben *  en dit hoewel Besoijen tot Holland hoorde en Waalwijk tot Brabant. In 1851 werd de parochie Maria Onbevlekt Ontvangen in Besoijen opgericht. Zuidewijn-Capelle ging op dat moment bij de Besoijense parochie behoren, Drongelen, Gansoyen en Haghoort bleven bij Waalwijk. Vervolgens is in 1902 de St.-Antoniusparochie opgericht. Hier gold de spoorweg Lage Zwaluwe-'s-Hertogenbosch als grens *  . De St.-Bernadetteparochie ontstond ten slotte in 1963. Zij nam een deel van de parochianen van de St.-Jans- en van de St.-Clemensparochies in Baardwijk over. De grenzen bleven ongeveer dezelfde tot in 2000 de parochies St.-Jan en Maria Onbevlekt Ontvangen (opnieuw) samengevoegd werden tot één parochie Sint Jan/Maria.

De oudst bekende stenen parochiekerk zou in 1421 verwoest zijn door de St.-Elisabethsvloed *  . Zo'n 50 jaar later bouwde men een nieuwe kerk op de grens met Besoijen. Deze kerk, bekend als de Kerk aan de Haven, bleef in gebruik tot de Vrede van Munster in 1648. Toen bepaalde de Staten-Generaal dat alle katholieke kerken gesloten moesten worden en overgedragen aan de hervormden *  . De eerste jaren na 1648 gingen de katholieken mogelijk naar de kapel van het klooster Nazareth. De pastoor was immers geestelijk leidsman van de zusters. Zo mocht hij hen de communie geven en de biecht horen *  . Aan het einde van de 17e eeuw kreeg men toestemming voor de bouw van een schuurkerk of schuilkerk. Ze was gelegen achter de huidige pastorie in de Grotestraat 285 en mocht niet zichtbaar zijn vanaf de straat of verder in het oog springen. De kerk brandde af, maar er kwam een nieuwe. Deze werd na meer dan een eeuw veel te klein en ongeschikt, de parochianen klaagden over stank door de aanwezigheid van te veel volk en over benauwdheid door de laagte van het gebouw. Op het einde van de 18e eeuw poogde het kerkbestuur de kerk aan de haven opnieuw op te eisen *  , dit in het kader van de nieuwe grondwet voor de Bataafse Republiek waarin stond dat kerken naar evenredigheid herverdeeld mochten worden. De strijd leverde echter niets op *  .

Uiteindelijk begon men in 1827 met de bouw van een eigen waterstaatskerk. Ze werd in 1829 in gebruik genomen. Ook deze werd, net als de vorige, in de loop der jaren te klein. Rond 1907-1908 vatte het kerkbestuur reeds plannen op om een nieuwe kerk te bouwen. Zo getuigt een ontwerptekening gemaakt door architect Jan Stuyt uit Amsterdam *  . Bij gebrek aan geld gingen deze plannen echter niet door. Een twintigtal jaar later startte de bouw van de huidige kerk, ditmaal naar een ontwerp van de architect H.W. Valk, die vroeger nog bij Stuyt werkte en waarschijnlijk door hem werd aanbevolen. De kerk kwam op dezelfde plaats als de waterstaatskerk, die in 1922-1923 gesloopt werd. In de tussentijd gingen de parochianen naar een noodkerk die het kerkbestuur had aangekocht in Koewacht in Zeeuws-Vlaanderen *  en die ten zuiden van het klooster van de zusters van J.M.J. stond. De huidige kerk is ingewijd in 1925 en plechtig geconsacreerd in 1927. Ze doet nog steeds dienst als parochiekerk voor de parochie Sint Jan/Maria.

De eerste bij naam bekende pastoor van de St.-Jansparochie was Franco Bac(k) *  . Hij zette de lijn in van een reeks pastoors afkomstig van de abdij van Tongerlo. Tot 1826 kwamen vele pastoors dan ook uit die omgeving: Turnhout, Dessel, Geel, enzovoort. De pastoor stond in voor de zielzorg en liturgie, niet alleen voor de eigen parochianen, maar ook voor het klooster Nazareth en de zusters van J.M.J. Hij was geestelijk adviseur, voorzitter of lid van het bestuur van vele verenigingen en instellingen, zoals de Maria Stichting en de R.K. Speeltuin. Aan het einde van de 19e en het begin van de 20e eeuw liet de man zich ook in met een aantal sociale kwesties. Zo uitte hij op de preekstoel zijn mening over de gedwongen winkelnering en de staking bij stoomschoenenfabriek A.H. Van Schijndel *  . En ten slotte was hij betrokken bij alles wat het kerkbestuur aanging. Vanaf 1682 werd de pastoor geassisteerd door een kapelaan. Of er voordien kapelaans waren is niet duidelijk. Een tweede kapelanij werd in 1837 opgericht. De derde kapelanij kwam er in 1898 na het overlijden van Adrianus Theodorus Hoos. Deze Waalwijker werd tot priester gewijd in 1858 en was kapelaan in Hilversum en Utrecht. Wegens ziekte kwam hij terug naar Waalwijk, waar hij dienst deed bij de zusters van J.M.J. en in het ziekenhuis en waar hij overleed in 1897. Hij was tevens een bekend weldoener van de parochie *  .

Het kerkbestuur zorgde voor de zakelijke belangen van de parochie. Waar de katholieken het in de 16e en 17e eeuw hard te verduren kregen door de godsdienstperikelen, groeide de St.-Jansparochie in de 19e en de eerste helft van de 20e eeuw uit tot een rijke parochie. Een behoorlijk aantal eigendommen vergde een degelijk beheer. In 1944 bijvoorbeeld bezat het kerkbestuur aan onroerende goederen: de kerk met kerkhof, de pastorie, de kosterswoning, de St.-Petrusschool, de Don Boscoschool, het ziekenhuis met bijgebouwen, het St.-Theresiagesticht, het patronaatsgebouw, de nijverheidsschool, een 12-tal woningen en een 25-tal gronden *  . Het merendeel van deze eigendommen was gelegen in de Grotestraat en de directe omgeving van de kerk.

Daarnaast bestuurde het kerkbestuur het St.-Theresiagesticht. De zusters van J.M.J. kwamen in 1844 naar Waalwijk, in de eerste plaats om een bewaar- en lagere school voor meisjes te leiden. In dezelfde periode vatte het kerkbestuur het plan op om een gasthuis op te richten. De zusters werden in de onderhandelingen betrokken. Het kerkbestuur zou alle eigendommen van de zusters opkopen en in hun onderhoud voorzien en in ruil zou alles wat de scholen en het gasthuis zouden opbrengen ten gunste komen van het kerkbestuur. Het gasthuis begon reeds in 1871 te draaien, maar er moest nog veel gebouwd worden. Het zogenaamde St.-Theresiagesticht, wat een woonhuis of klooster voor de zusters, een ziekenverblijf, schoollokalen en een kapel omvatte, kwam te staan in de directe omgeving van de kerk in de Grotestraat *  .

Het gasthuis had als eerste taak in te staan voor de geestelijke en lichamelijke verzorging van in hoofdzaak behoeftige (arme) zieken, daarnaast ving men ook ouderen op. In de loop der jaren groeide het uit tot een volwaardig ziekenhuis. In 1931 werden de deuren geopend van een nieuw gebouw, het St.-Nicolaasziekenhuis *  . Het bestuur over het ziekenhuis was tot en met 1954 in handen van het kerkbestuur, dat tegelijk gasthuisbestuur was. Met ingang van 1 januari 1955 werd het bestuur overgedragen aan de Deken van Riel Stichting, genoemd naar de pastoor die fel ijverde voor een nieuw ziekenhuis. De ziekenhuisinventaris, de werkvoorraden en de vorderingen en schulden op de ziekenhuisexploitatie werden overgenomen door de stichting *  . De gebouwen in de Grotestraat 232 bleven eigendom van het kerkbestuur. Dit zou zo blijven tot in 1968 een groter ziekenhuis gebouwd werd in de Kasteellaan. Het laatste onderdeel van het St.-Theresiacomplex, namelijk de muziekschool of vroegere kleuterschool, werd in 2003 afgebroken.

Ook het onderwijs nam het kerkbestuur gedurende een ruime periode op zich. Samen met het patronaatsrecht, kreeg de abdij van Tongerlo het officium scholae *  . Mogelijk was er in de 13e eeuw reeds een parochieschool. De oudste gegevens omtrent onderwijs in het archief dateren uit 1710. De zusters van het klooster Nazareth hadden toen net een kloosterschool opgericht *  . De zusters van J.M.J. begonnen in 1844 met een kleuter- en lagere school voor meisjes onder toezicht van het kerkbestuur. De school kreeg vanaf 1874 een plaats in het St.-Theresiagesticht. Ze breidde vanaf dan aanzienlijk uit, niet alleen wat het aantal leerlingen en lokalen betrof, maar ook wat betreft de gegeven vakken. De zusters gaven rond 1930 bijvoorbeeld ook privaatlessen Frans, muziek en fraaie handwerken *  .

Pas vele jaren later, in 1914, werd een lagere school voor jongens, de St.-Petrusschool, in gebruik genomen. De school werd genoemd naar de bekende Waalwijkse weldoener Pieter Wijten. Hier zorgde de Congregatie van de Broeders van de Onbevlekte Ontvangenis van de H. Maagd Maria uit Maastricht voor het onderwijs, eveneens onder leiding van het kerkbestuur. Het bestuur over en het eigendom van de twee scholen droeg het kerkbestuur in 1972 over aan de Stichting Katholieke Scholen Waalwijk-Centrum en -West *  . In 1974 fusioneerden de St.-Theresia- en de St.-Petrusschool. De Don Boscoschool ten slotte werd opgericht in 1936. De school was bestemd voor buitengewoon lager onderwijs en bevond zich in de Grotestraat 242. In 1954 werd het bestuur over deze school overgenomen door de Stichting voor Christelijk Buitengewoon Lager Onderwijs voor Waalwijk en Omgeving.

De taak van armbestuur was, in tegenstelling tot de talrijke andere taken, niet voor het kerkbestuur weggelegd. In 1850 schonk Joannes Cornelis Wassen fl. 200,- aan het kerkbestuur op voorwaarde dat dit kerkbestuur het geld zou gebruiken voor de armen in Waalwijk *  . Om het legaat te kunnen aanvaarden richtte het kerkbestuur pro forma een armbestuur op. Er zijn verder wel enkele sporen van armenzorg, maar de eigenlijke armenzorg lag sinds 1850 bij de vereniging van St.-Vincentius à Paulo. Deze vereniging, in Nederland opgericht in 1846, bestond uit mannelijke leken en had tot doel het lenigen van geestelijken en lichamelijken nood in arme huisgezinnen, het zorgen voor eene Roomsch-Katholieke opvoeding van arme of verlaten kinderen en het beoefenen van andere liefdewerken en dit om de heiliging van de leden te bevorderen *  . De nadruk lag niet op het zoveel mogelijk uitdelen aan de armen, wel op het door huisbezoeken minder bedeelde gezinnen geestelijk te verheffen. De vereniging bleef in Waalwijk bestaan tot 1997 *  , toen was ze al enkele jaren niet meer actief.